Le isole Ryūkyū rimasero uno stato indipendente per diversi secoli, con una propria cultura, cucina e lingua.

Nel XVII secolo passarono sotto il controllo dell'odierna Prefettura di Kagoshima e nel 1879 diventarono una prefettura giapponese a parte. Parallelamente a quanto fatto nell'isola di Hokkaido con gli Ainu, anche qui avvenne un'integrazione forzata delle popolazioni indigene che abitavano l'arcipelago.

Durante la Seconda Guerra Mondiale le isole furono teatro di scontro tra le forze giapponesi e quelle americane. Con la sconfitta dello stato nipponico, l'amministrazione del territorio passò agli Stati Uniti fino al 1972, quando vennero poi restituite al Giappone. Come compromesso per la restituzione delle isole venne concordata la costante presenza di militari statunitensi e di basi americane, tuttora presenti.